Le commmissioni sono luoghi (tecnicamente, delle mailing list), all'interno dei quali si discute e si realizzano determinati progetti. Esistono due tipi estremi di commissione. Vi sono innanzitutto le commissioni ``dall'alto'', nel senso che sono create su proposta del coordinamento (o di un coordinatore), che per mezzo di una delibera indica un socio come responsabile e coordinatore delle attività (e sovente ``owner'', cioè amministratore, della mailing list), per mezzo di una delibera (Art.III.6.6).
Esistono inoltre le commissioni ``dal basso'', che sono formate su proposta di tre o più soci. Le commissioni così formate delegano un ``portavoce'', che ha il compito di riferire periodicamente all'assemblea dell'operato della commissione (Art. III.13). Le commissioni ``dal basso'' rappresentano uno strumento estremamente potente di partecipazione. Qualsiasi minoranza di soci ha il diritto e il potere di aprire una commissione dove discutere di qualsiasi tema, e di intraprendere le azioni che preferiscono. La DC9-95 poi, nel regolamentare l'utilizzo delle banche dati, recita che ``tutte le attività in essere all'interno della Città Invisibile, e in particolare le commissioni dei soci, nei limiti delle disponibilità hanno diritto all'attribuzione di uno spazio all'interno di una banca dati [...]''. Si consideri che la prassi ha confermato questa impostazione, e che si riconosce alle commissioni il diritto di condividere le risorse collettive della Città.
Nei confronti di una commissione ``dal basso'', il coordinamento in quanto tale non ha alcuno strumento, oltre alla ``persuasione morale'', per influenzarne l'esito dei lavori. Nei confronti della richiesta di tre soci di creare una commissione, l'apertura della stessa (nel concreto, la predisposizione di una mailing-list dedicata) si caratterizza per il coordinamento come un atto dovuto. La peculiarità di questo strumento si presta ad alcune considerazioni interessanti. Paradossalmente, nulla impedirebbe la formazione di due commissioni distinte dedicate al medesimo argomento, eventualmente con opinioni diverse e magari opposte. Ancora, nulla impedisce che una minuscola minoranza decida di costituire una commissione che sostenga tesi del tutto in contrasto con l'opinione di tutti gli altri soci.
Che cosa potrebbe fare il coordinamento, o l'assemblea, nei confronti di tre soci che decidono di aprire una commissione ``Pro Alleanza Nazionale''? Il coordinamento potrebbe decidere di tollerarla, chiarendo all'esterno che le opinioni espresse dalla commissione in nessun modo sono da intendersi rappresentative della Città Invisibile. Potrebbe valutare se appellarsi al Collegio dei Probiviri, per chiedere se l'azione della commissione non sia in contrasto con i fini associativi esposti nell'Art. I.3, e in generale con lo spirito dello statuto. Il Collegio dei Probiviri, il Coordinamento, o un decimo dei cittadini invisibili (Art. III.4.1) potrebbe infine chiedere l'espulsione dei soci coinvolti. Probabilmente, il Coordinamento non potrebbe ``staccare la spina'' a una commissione, se le sue attività si mantengono nell'ambito della legalità. In ogni caso, si tratterebbe di un problema notevole e interessante, in qualche modo il prezzo di uno strumento di democrazia così potente.